Kế hoạch kết hôn với vua Felipe của Naples và Sicily (Felipe II tương lai của Tây Ban Nha) của Vưong hậu Mary I đã vấp phải sự phản đối rộng rãi, không chỉ trong dân chúng mà còn giữa các Thành viên Quốc hội và các ủy viên hội đồng cơ mật. Cuộc nổi dậy của Thomas Wyatt vào đầu năm 1554, trong đó Công tước Suffolk tham gia, xuất phát từ sự ghét bỏ này.[36] Những kẻ chủ mưu không có ý định đưa Jane Grey lên ngai vàng một lần nữa. Tuy nhiên, ở đỉnh điểm của cuộc khủng hoảng quân sự vào khoảng ngày 7 tháng 2, chính phủ đã quyết định xử tử Jane và chồng bà vì tội phản quốc, cả hai đều bị kết tội. Đó cũng là cơ hội để loại bỏ những nguồn cảm hứng có thể gây ra tình trạng bất ổn trong tương lai và những lời nhắc nhở không mong muốn về quá khứ.[37] Mary gặp rắc rối khi để em họ mình chết, nhưng bà đã chấp nhận lời khuyên của Hội đồng Cơ mật.[38] Bishop Gardiner pressed for the young couple's execution in a court sermon,[39] Bishop Gardiner đã thúc giục việc xử tử cặp vợ chồng trẻ trong một bài giảng trước tòa, và đại sứ Hoàng gia Simon Renard vui mừng báo cáo rằng "Jane của Suffolk và chồng bà sẽ mất đầu."[40]

Một ngày trước khi hành quyết, Guildford yêu cầu Jane gặp mặt lần cuối, nhưng bà từ chối, giải thích rằng điều đó "sẽ chỉ ... làm tăng thêm sự đau khổ và đau đớn của họ, tốt hơn hết là nên hoãn lại ... vì họ sẽ sớm gặp nhau ở nơi khác, và sống bị ràng buộc bởi những mối ràng buộc không thể tách rời."[41] Khoảng 10 giờ sáng ngày 12 tháng 2, Guildford được dẫn đến Tower Hill, nơi có "nhiều ... quý ông" chờ đợi để bắt tay ông. Guildford có một bài phát biểu ngắn trước đám đông đang tụ tập, như thường lệ.[42] "Không có người cha ma quái nào ở bên mình",[43][ghi chú 2] ông đã quỳ gối cầu nguyện và xin mọi người cầu nguyện cho mình, "nhiều lần ngước mắt và đưa tay lên Chúa".[6] Ông bị giết bằng một nhát rìu, sau đó thi thể của ông được chuyển trên một chiếc xe đẩy đến nhà nguyện Tháp St Peter ad Vincula. Nhìn khung cảnh từ cửa sổ, Jane kêu lên: "Ôi, Guildford, Guildford!" Ông được chôn cất trong nhà nguyện cùng với Jane, người đã chết trong vòng một giờ.[44]

Các vụ hành quyết không góp phần vào sự nổi tiếng của Mary hay chính phủ.[6] Năm tháng sau cái chết của cặp đôi, John Knox, nhà cải cách nổi tiếng người Scotland, đã viết về họ là "những người vô tội ... chẳng hạn như theo luật công bằng và những nhân chứng trung thành không bao giờ có thể được chứng minh là đã xúc phạm chính họ."[39] Về Guildford, nhà ghi chép biên niên sử Grafton đã viết mười năm sau: "ngay cả những người chưa từng nhìn thấy ông ta trước thời điểm hành quyết cũng đã khóc thương cho cái chết của ông."[6]